Posljednji dokument Drugog vatikanskog ekumenskog sabora, Pastoralna konstitucija o Crkvi u suvremenom svijetu Gaudium et spes govori o odnosu Crkve, suvremenog svijeta i kulture, te osvjetljava ulogu i zadaću Crkve ad extra, nakon što je Sabor u prijašnjim dokumentima (nadasve SC, LG i DV) oslikao Crkvu ad intra. Nezaobilazna tema takvog govora je i ateizam koji, za razliku od prijašnjih vremena, danas više nije ništa neobično niti pojedinačno (GS 7), te predstavlja jednu od najtežih pojava našeg vremena (GS 19). Sabor ponajprije shvaća važnost ateizma i interpretira ga kao jedan od znakova vremena (kojeg treba vrlo pažljivo proučavati (GS 19)) današnjeg društva i stanja u kojem se čovječanstvo nalazi, te u isti mah priznaje autonomiju suvremene kulture i nadasve znanosti koja se nerijetko prikazuje kao zahtjev znanstvenog napretka ili nekog novog humanizma (GS 59).
Sabor ne iznosi neki novi nauk u odnosu prema ateizmu kojega ustrajno i u potpunosti odbacuje, ali ipak otvara novo poglavlje u nekim vidovima diskusije i polemike s ateizmom. To novo poglavlje započinje iskrenim kajanjem i uočavanjem propusta samih vjernika koji donekle snose odgovornost (GS 19) zbog toliko jake prisutnosti ateizma u današnjoj kulturi, jer zanemarivanjem vjerskog odgoja ili pogrešnim izlaganjem nauka, ili pak neautentičnošću svojeg religioznog, ćudorednog i društvenog života pravo lice Boga i religije prije zakrivaju negoli otkrivaju (GS 19). Ateizam kao takav nije nešto izvorno, nego ima razne uzroke. Sabor daje tek jednu opću sliku ateizma, ne skicira ga u detalje. Ne spominje nijedan sustav ili filozofsku školu, ne istražuje pobliže razloge i uzroke ateizma. Njega zanima otvoreni dijalog u istini o istoj, zanima ga nastojanje da i tim ljudima (ateistima, koje Sabor ne osuđuje, nego dapače, ovo je prvi sabor koji nije završavao anatemama) navijesti Krista i ponudi poruku spasenja. Sabor konstatira ipak razne formulacije ateizma, te upućuje na jedan od njegovih izvora, a koji je čovjekova želja za autonomnošću (emancipacijom, samostalnošću). Sabor vrednuje pozitivne impulse i motive ateizma poput izgradnje pravednijeg društva, pobune protiv zla u svijetu, autonomije i prosvjetljenja čovjeka, ali ipak inzistira na stavu koji iz svega toga ne isključuje Boga i religiju. Ateizam, kako ga Sabor vidi, ima dvostruko usmjerenje. Prvo bi usmjerenje bilo prema horizontalno predočenom Raju, tj. putem vjere u razvoj čovječanstva i napretka pozitivnih (prirodnih) znanosti isključivo bez Boga i religije (novi ateisti) do konačnog ispunjenja čovječnosti u ovostranosti. Drugo usmjerenje vodi krivudavim putem u beznađe (nihilizam) i smrt koju zastupaju egzistencijalisti. Jedna formulacija ateizma želi prosperitet i napredak, druga beznađe i nihilizam. Oba vida ateizma smatraju da religija po samoj svojoj naravi smeta oslobođenju i napretku razvoja čovjeka.
Koncepcijski je govor o ateizmu smješten unutar tumačenja odnosa Crkve prema suvremenoj kulturi, te je kao takav i upućen i neodjeljiv sa ostalim sadržajem Konstitucije. Sabor želi otvoreni dijalog sa cijelim svijetom, a to ne isključuje ni ateiste prema kojima Sabor mijenja perspektivu „od prokletstva ka dijalogu.“ (W. Kasper) U tom dijalogu, ključna je uloga Učiteljstva koje daje uopćene smjernice, ali je jako važna i uloga teologa koji te smjernice moraju dalje detaljno razraditi, te kao Kristovi navjestitelji stupiti u kontakt sa današnjom kulturom i današnjem čovjeku jer jedino njemu danas može navijestiti Krista. A da taj navještaj bude lakši i pristupačniji suvremenom čovjeku, Bog neprestano u svojoj Crkvi podiže ljude koji u svojem životu čine prisutnim Njegovu snagu i tako pružaju jako i autentično svjedočanstvo Njegove brige i ljubavi prema čovjeku. Dovoljno je samo pogledati svjedočanstvo blažene Majke Terezije da potkrijepimo tu konstataciju. Ono što uvelike iznenađuje u njenom slučaju, a što smo saznali naknadno, jest njeno iskustvo tame i osjećaja praznine koja je posljedica Božjeg odsustva. Ona je tako, nakon uistinu intenzivnih mističnih iskustava živog i prisutnog Boga, živjela veći dio svoga života u „stravičnoj tami“ za koju nitko osim njenih duhovnika nije znao. Zbog takvog stanja često je i sama sumnjala i promišljala svoju vjeru i svoje djelo za koje je ipak i usprkos tame bila u potpunosti sigurna da je usprkos svemu u cijelosti Božje. Tako bi smo iskustvo blažene Majke Terezije mogli okarakterizirati kao ateizam koji pročišćava, ali koji sam nije ateizam (u doslovnom smislu pojma), nego je prije iskustvo tamne noći duše. (Ivan od Križa)
Takav teološki pristup pitanju o Bogu poznaje i Tradicija, i Učiteljstvo i sama akademska teologija te bi možda bilo potrebno, u ovom suvremenom svijetu potrošačkog mentaliteta i prevlasti znanstvene paradigme, ponovno afirmirati pristup negativne teologije koja u sebi treba uključivati i ovakva stanja i iskustva tamne noći duše svetaca i svetica koji su nam uzori vjerničkog življenja u svijetu od kojeg nismo (Iv 17, 16).
Ateizam koji pročišćava se tako temelji na negativnoj teologiji, koja sama opet inzistira na analogiji bića koja, uz sve pozitivne iskaze o Bogu, ipak zahtjeva inzistiranje da ti iskazi budu shvaćeni kao oni u kojima postoji više različitosti nego sličnosti dvaju stvarnosti (Nestvorene i stvorene) na koje se sama analogija odnosi. Takav ateizam u sebi pomiruje dvije često suprotne strane iste medalje, naime, osobno uvjerenje u Božju opstojnost i nemogućnost adresiranja tog uvjerenja na nešto što realno (s-tvarno) postoji u svijetu. „Posve sam sigurna da Bog postoji, u tom smislu što sam posve sigurna da moja ljubav nije uzaludna. Posve sam sigurna da Bog ne postoji, u tom smislu što sam posve sigurna da ništa u zbilji nije nalik na ono što mogu pojmiti kad izgovorim to ime. Ali ono što ne mogu pojmiti nije tlapnja.“(S. Weill) Takvo poimanje ateizma čisti pojam Boga od svih lažnih atributa, predodžbi, stereotipa i nadasve ustraje na Božjoj transcendentnosti koja računa ipak s vjerom, a ne toliko sa znanjem, iako ta vjera, kako nas upozorava blaženi Ivan Pavao II., ne smije isključivati razum.
Uzevši sve do sada izrečeno i ako u raspravi s novim ateistima sudjelujemo na temeljima koje nam je Sabor postavio, onda se mirne savjesti možemo donekle s njima i složiti. Bog nije velik, on je neizmjeran. Religija jest prirodna pojava, ali prirodna pojava Nadprirodnog. Čovjek jest izmislio Boga (i izgleda da će ga uvijek izmišljati činom projekcije), ali Bog je stvorio čovjeka slobodna i s bujnom maštom. Mogu i dalje nabrajati u čemu se sve slažem s ateistima (i novima i starima), ali potrebno je uvidjeti da mi, vjernici i nadasve teolozi, idemo uvijek korak dalje jer nismo ograničeni ideologijama koje nas zarobljavaju i ograničavaju na skučeno poimanje čovjeka, svijeta i Boga.